In den  Räumen des Ost- und Nordflügels findet der Besucher eine ständige Ausstellung zur Saalfelder Stadt- und Regionalgeschichte von der Steinzeit bis zum 20. Jahrhundert, eine Kunstgalerie mit Werken Saalfelder Künstler sowie eine Abteilung zur Volkskunde mit einem Querschnitt aus der Vielfalt der Thüringer Trachten. Eigene Abteilungen bilden die „Naturkundliche Sammlung Emil Weiske“, das Münzkabinett und das Lapidarium (Steinsammlung).
Die wiederhergestellten mittelalterlichen Klosterräume und Kreuzgänge im Erdgeschoss beherbergen die Dauerausstellung zur Klostergeschichte sowie - im ehemaligen Kapitelsaal - eine herausragende Sammlung spätmittelalterlicher Holzplastik aus Saalfelder Werkstätten, darunter mehrere Schnitzaltäre. Für Vorträge und für die museumspädagogische Arbeit stehen eigene Räume zur Verfügung. In der ehemaligen Klosterkirche befinden sich der Festsaal sowie eine Halle für Sonder- und Wechselausstellungen.