Das Saalfelder Franziskanerkloster wurde um 1250 durch die Grafen von Schwarzburg gegründet. Die urkundliche Ersterwähnung des am westlichen Rande der mittelalterlichen Stadt gelegenen Konvents stammt vom 16. Juni 1265.
Das Kloster bestand bis zur Reformation, wurde 1534 jedoch aufgelöst und verlor damit seine ursprüngliche Funktion. Das Gebäude ging nun in landesherrlichen Besitz über. Eine einheitliche Nutzung des gesamten Ensembles war in der Folgezeit nicht mehr möglich, stattdessen erhielten Teilbereiche des einstigen Klosters nun neue Verwendungszwecke. 

Noch 1534 bezog die Saalfelder Lateinschule Räume in den bisherigen Klausurgebäuden. Bis 1910 blieb das ehemalige Kloster daraufhin Bildungsanstalt, zuletzt als Realgymnasium.
Von 1551 bis 1735 war in der früheren Sakristei und im Westflügel eine Münzstätte der Herzöge von Sachsen eingerichtet. In den Münzbetrieb einbezogen wurde auch der westliche Teil der leerstehenden Klosterkirche, die so zu ihrer umgangssprachlichen Bezeichnung ?Münzkirche? kam.
Im Jahre 1814 schließlich erwarb die Stadt Saalfeld das ehemalige Kloster und nutzte die leer stehende Klosterkirche als Malzhaus (1817-1900).
Am 31. Januar 1904 wurde im einstigen Ostkreuzgang das Saalfelder Museum eröffnet.

Der nach seinem Gründer Franz von Assisi benannte Orden der Bettelmönche – auch Minoritenorden genannt – entstand im 13. Jahrhundert und wurde eine der im Mittelalter wichtigsten und weitverbreitetsten Ordensverbindungen. Franziskanermönche errichteten ihre Klöster in den Armenvierteln der Städte und übten hier seelsorgerische und soziale Tätigkeiten aus. Schon 1224 war der Orden auch in Thüringen präsent, mit einer ersten Niederlassung in Erfurt. Von Erfurt aus wurde das um 1250 entstandene Saalfelder Konvent mit Mönchen besetzt.
Die Gewandung der Franziskaner besteht aus einer langen braunen Kutte und einem weißen Strickgürtel mit drei Knoten, die Armut, Gehorsam und Keuschheit symbolisieren. Ursprünglich gingen die Franziskaner barfuß (daher auch „Barfüßermönche“ genannt).